Tahun kelahiran syekh Muhammad Abduh yang umum dipakai adalah, beliau lahir di salah satu desa di Mesir pada tahun 1949 M, karena ada juga yang mengatakan bahwa ia lahir tahun 1845 M. Perbedaan yang demikian itu sering terjadi akibat beberapa faktor, di antaranya kondisi dan situasi pada waktu kelahirannya. Saat itu, pemerintahan Mesir di bawah kekuasaan Muhammad Ali, walaupun sudah berada di penghujung kekuasaannya, akan tetapi kekuasannya tetap dijalankan dengan kekerasan, sehingga banyak petani-petani berhijrah menghindari beban yang diberikan oleh penguasa, termasuk orang tua syekh Muhammad Abduh.
Dari beberapa literatur yang penulis temukan terntang asal usul beliau, tidak ada satupun yang secara lengkap menguraikan silsilahnya hanya saja dikatakan bahwa Muhammad Abduh termasuk salah seorang bangsa Arab yang silsilahnya keturunannya sampai kepada khalifah kedua pemerintahan Khulafaurrasyidin, yakni Umar bin Khtaab sebagaimana yang dikemukakan oleh H. Firdaus sebagai berikut:
Syekh Muhammad Abduh seorang putra Mesir, lahir pada tahun1849 M. dan wafat tahun 1905 M. ayahnya Bduh Bin Hasan Khairullah, mempunyai silsilah keturunan dengan bangsa Turki. Sedang ibunya, mempunyai silsilah keturunan orang besar Islam, Umar bin Khattab, khalifah yang kedua.
